学校紧紧围绕医药行业及地方经济社会发展需求，以甘肃道地药材、地方中医药文献挖掘整理、西部疑难病多发病的中医药防治、名老中医经验传承等作为重点研究领域，近年来先后承担各级各类科研课题2100余项，鉴定科技成果400余项。出版各种学术著作400余部，科研成果获奖200余项。

现有1个教育部重点实验室，3个国家中医药管理局中医药科研三级实验室，4个甘肃省重点实验室，2个甘肃省高校省级重点实验室，2个甘肃省高校人文社科重点研究基地；1个甘肃省中药现代化工程技术研究中心、1个兰州中药现代化工程技术研究开发中心，“西北中藏药协同创新中心”为甘肃省首批“2011协同创新中心”。有4个省级重点学科，13个国家中医药管理局重点学科，9个省医疗卫生重点学科。

现为全国第四次中药普查甘肃省试点工作技术依托单位、国家基本药物所需中药材种子种苗繁育基地建设甘肃省牵头单位。主办《甘肃中医学院学报》、《中医儿科杂志》、《甘肃基层卫生》三种学术期刊，其中《中医儿科杂志》为中华中医药学会系列杂志。

近年来，先后承办了“2011中药欧盟注册高层应对研讨会”、“2010’国际针法灸法技术演示暨学术大会”、“中国当归产业发展高端论坛”、“第十九届全国张仲景学说学术研讨会”、“第十次全国中医养生康复学术会议”等国家级学术会议12次，参会人数近4000人，在相关学科领域与国内外专家学者展开深度交流和探讨，并建立起广泛联系。